Die Bioinformatics Core Einheit des Universitätsklnikums Hamburg-Eppendorf (UKE) bietet eine Vielzahl bioinformatischer Dienstleistungen an. Der Fokus liegt auf der Analyse von Daten aus Hochdurchsatz-Sequenzierungen. Neben der Datenauswertung umfasst das Angebot auch Beratung, Softwareentwicklung und Weiterbildung.

Das Angebot ist primär ausgerichtet auf die Bedürfnisse von Forschenden am UKE. Es steht jedoch generell auch externen Partnern offen.


Datenanalyse

Für die Bearbeitung zahlreicher Fragestellungen wurden standardisierte Arbeitsabläufe an der Bioinformatik Core Einheit etabliert. Für speziellere Aufgaben werden zudem maßgeschneiderte und integrative Lösungen angeboten. Die Einheit arbeitet in hohem Maße transparent und legt besonderen Wert darauf Auswertungen zu erklären und zu dokumentieren. Resultate werden regelmässig gemeinsam diskutiert und erläutert.

Zu den angebotenen Analysen zählen unter anderen:

  • RNA-Seq (differentielle, aberrante und absolute Expression, aberrantes Spleissen, Fusionsgene, Analyse kleiner RNAs)
  • Variant Calling (SNVs, Indels, SVs, CNVs)
  • ChIP-Seq
  • Metagenomik und Metatranskriptomik
  • Genom- und Transkriptom Assemblierung
  • Genvorhersage
  • Ribo-Seq
  • MeDIP-Seq
  • Bisulfite Sequencing
  • Pathway Enrichment Analyse
  • Annotation
  • und viele andere mehr

Beratung

The facility provides consulting on various aspects of bioinformatics, sequencing and sequence data analysis. Many research projects are supported over their whole live cycle. This includes initial project planning, official support for grant applications and documentation of applied methods for publications.
Additionally the Bioinformatics Core gives advice on hardware and software solutions for workgroups who plan to carry out some or all analyzes by themselves.


Software Entwicklung

The Bioinformatics Core has substantial expertise in developing custom software and workflows for sequence data analysis. Software development, however, is often a time consuming process and thus the facility is forced to carefully evaluate the feasibility of proposed projects.


Bioinformatik-Training

We are an official training partner within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) and offer hands-on training courses focused on bioinformatics and computational biology. Training activities aim at enabling life scientists to effectively handle and interpret biological data.

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